ソリッド・スネーク （オールド・スネーク）　 急激な老化が進み、実年齢とは大きくかけ離れた容姿をしているが、身体能力はさほど劣っていないようである。度々、薬物を首筋から投与しているような描写がトレーラーで確認できる。	ハル・エメリッヒ （オタコン） スネークの良きサポート役であり、友人。今作では「ノーマッド」と呼ばれる航空機からスネークをサポートする。優秀な科学者であり、スネークが身につけている装備品の多くは彼が開発した物。	雷電 （ジャック） MGS2プラント編の主人公。人体改造を施しているようで、全身を強化骨格で包んでいる。　トレーラーでは何体もの月光を瞬く間に撃破するという圧倒的な力を見せ付けた。
ナオミ・ハンター FOXHOUNDのメディカルスタッフを務めていた経緯を持つ。シャドーモセス事件ではスネークをサポートしていたが、今作ではPMCのSOPシステム奪取の為にリキッドに捕らわれている模様。スネークと共に脱出を試みる。	ロイ・キャンベル 元FOXHOUND司令官。スネークとは長年の友人である。今回スネークを再び召還したのも彼である。MGS1のシャドーモセス事件ではスネークをサポートすると共に、姪であるメリルの命を救ってもらうなど多大な恩義を受ける。	メリル・シルバーバーグ ロイ・キャンベルの姪。シャドーモセス事件では核兵器廃棄所で演習に参加していた。現在は米陸軍管轄のPMC内部監査機関「ラットパトロールチーム01」の小隊長を務める。デザートイーグルが彼女の愛銃である。
ＥＤ（エド） ラットパトロールチーム01のサブリーダー。メリルの良きパートナーとなっているようである。	ジョナサン ラットパトロールチーム01の巨漢兵士。頭のモヒカンは背後から見ると「！」のマークになっている。背後から攻撃されることを嫌うようである。	ジョニー（アキバ） ラットパトロールチーム01の電装兵士。「アキバ」は愛称のようだ。MGSシリーズで馴染み深い「ジョニー佐々木」と同一人物の可能性大。
サニー MGS2で登場したオルガ・ゴルルゴビッチの娘。オルガはサニーを出産後、ソリダスの手により殺害されている。サニーは愛国者達に捕らわれていたが雷電らの尽力により解放された。オタコンも認める程の天才で、その才能が狙われる。	ドレビン PMCが使うID登録された武器を洗浄（ロンダリング）し、誰でも使えるようにすることを仕事にする、武器卸売販売業者。	リトル・グレイ ドレビンに同行する小柄のサル。種類は不明。いつもコーラを飲んでいる。
EVA MGS3で初登場。推定年齢は60歳を超えていると思われる。自らのことを「ビッグママ」と呼ぶが詳細は不明。

リキッド・オセロット リボルバー・オセロットの肉体を・リキッド・スネークの精神が支配する人物。リキッドはスネークと同じ宿命を背負った存在で、スネークと同じくビッグボスのクローンである。	ヘイブン・トルーパー ハイテク装備を身にまとったリキッドの私兵。全員が女性のようなシルエットをしている。俊敏に飛び回る様子から、メリル達には「カエル」と呼ばれる。	ヴァンプ 対テロ特殊部隊DEAD CELLの元隊員。幼い頃教会で爆弾テロに遭い瓦礫の下敷きになった際、胸に十字架が突き刺さったまま二日間放置され、超人的な身体能力を得るに至った。
ラフィング・オクトパス Beauty&Beast部隊に所属するサイボーグ。コードネームはLaughing（笑う）Octpus(蛸）。長いアームを手足のように使い、敵を攻撃する。	スクリーミング・マンティス Beauty&Beast部隊に所属するサイボーグ。細い糸で人を人形のように操る。コードネームはScreaming(叫ぶ）Mantis(カマキリ）	クライイング・ウルフ Beauty&Beast部隊に所属するサイボーグ。サイボーグではあるが、もはや人間の原型は留めていない。コードネームはCrying(泣く）Wolf（狼）
レイジング・レイブン Beauty&Beast部隊のサイボーグ。 コードネームはRaging(怒れる）Raven（ワタリガラス）。大きな翼を持ち、空中を飛行する。