H&K USP タンカー編でスネークが使用。オルガ・ゴルルコビッチも使用していた。 装弾数15+1発。フラッシュライト標準装備。サプレッサー取り付け可。 ソーコムピストル プラント編で雷電が使用。性能としてはMGSの1ものと大差はない。 レーザー照準器装備。サプレッサーは取り付け後、取り外し不可。 M9 (画像はベレッタM92F) ベレッタM92Fを麻酔銃に改造したもの。レーザー照準器装備。 タンカー編とプラント編で使用可能。殺傷能力はない。 麻酔効果はかなり高く、インド象もダウンするほどの効果らしい（オタコン談） M4A1 プラント編で使用可能。米軍制式採用突撃銃。 装弾数30発。ビッグシェルに突入したSEALチーム10も使用していた。 AKS-74u プラント編で使用可能。ゴルルコ兵が装備している。 銃身が短く屋内戦に向く。サプレッサー装着可。 装弾数25発。 PSG-1 プラント編で使用可能。イロコィ・プリスキン中尉も使用していた。 MGS1のものと比べて特筆すべき点はない。 PSG1-T PSG1を麻酔銃に改造したもの。 殺傷能力はない。サプレッサー標準装備。 スティンガーミサイル プラント編で使用可能。 NIKITA リモコンミサイル プラント編で使用可能。 GLOCK18C プラント編でファットマンが使用していた。プレイヤー使用不可。 セミ/フルの切り替えが可能。 P90(Project 90) 天狗兵やソリダス・スネークが使用。 人間工学に基づいた斬新的なデザインが特徴。 サブマシンガンでありながら300m先のケブラー繊維を貫通するほどの 高威力を持つ。